La iglesia fue construida por Fray Andrés de San Miguel entre 1615 y 1626, quien pertenecía a la orden de los carmelitas descalzos, una legión que buscaba recuperar la austeridad y devoción que dio origen a la cofradía. La construcción abarcó un colegio y monasterio para hombres. Los dominios de la compañía abarcaban desde Chimalistac hasta San Jacinto, en el terreno atravesaban los ríos Chico y Magdalena, lo que permitió la prosperidad del pueblo. El paisaje idílico de sus huertos atrajo a la aristocracia capitalina, que construyó aquí sus casas de retiro. Así se fundó San Ángel.