Fue fundada como convento en 1528 y entre sus historias está la de venerar al Mártir de Japón.

Este convento fue fundado en 1598 por iniciativa de Marina Zaldívar de Mendoza, una mujer devota, sin hijos, que decidió donar sus bienes para obras pías. Como muchos otros conventos de monjas, éste también fue reconstruido durante el siglo XVII. Los arreglos quedaron a cargo de los maestros en arquitectura Juan Gómez de Trasmonte y Juan Serrano; su patrono y benefactor fue un hombre llamado Juan de Chavarría, quien además de fortuna poseía reputación. La fama de su osadía se propagó luego de que, en diciembre de 1676, salvó de las llamas la custodia de la vieja iglesia de San Agustín, mérito que le autorizó a poseer el emblema en la fachada de su casa, a recibir el hábito de caballero de Santiago y a ser enterrado en el atrio de la iglesia, además de construírsele una estatua y poner su nombre a la calle en que vivía.

Las paredes de la parroquia ampararon dos historias singulares: la primera, la de guardar devoción al Mártir de Japón, un beato que murió arriesgando su vida en las evangelizaciones hacia Manila, y la segunda, la de haber protegido a La China, una mujer aristócrata que luego de andar en malos pasos fue recluida por su familia en la orden lorenzana. Estas monjas y novicias eran famosas en toda la ciudad por los suculentos alfeñiques que preparaban. En 1864, las monjas fueron exclaustradas y el convento se destinó a la Escuela Nacional de Artes y Oficios para hombres. En 1871 un rayo cayó en el campanario, dejándolo tan dañado que fue necesario derruirlo. Para 1915 era la Escuela Práctica de Ingenieros Mecánicos Electricistas y en 1950 la Escuela Vocacional No. 4 del Instituto Politécnico Nacional. La iglesia, luego de haber sido cerrada al culto, se abrió nuevamente en 1863, y hasta 1905 se siguieron oficiando misas. Sus muros de calicanto, su bóveda y su fachada barroca han sido tratados severamente por el tiempo.

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