El Museo Regional de Guadalajara ocupa un edificio del siglo XVIII, iniciado alrededor de 1742 y concluido 16 años después, construido en fábrica de piedra. Su uso original fue el de colegio-seminario del Señor San José. Durante la Guerra de Independencia fue cuartel de las tropas insurgentes y también cárcel de españoles. En 1863 se ocupó la planta baja con la Biblioteca del Estado y hacia la segunda parte del siglo XIX compartió el inmueble con el Liceo de Varones. Como Museo se inauguró el 10 de Noviembre de 1918 por iniciativa de Jorge Encizo e Ixca Farías con el nombre de Museo de Bellas Artes, Etnología e instrucción de Bellas Artes y enseñanza Artística de Guadalajara. Siendo este ultimo su primer director hasta su fallecimiento, del 16 de marzo de 1873 al 14 de noviembre de 1947. Forma parte del Instituto Nacional de Antropología e Historia desde su creación en 1939. Abrió sus puertas al público como museo regional en el año de 1976.

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