La parroquia del conjunto monasterial fue construida por Fray Andrés de San Miguel entre 1615 y 1626, quien pertenecía a la orden de los carmelitas descalzos, una legión que buscaba recuperar la austeridad y devoción que dio origen a la cofradía. La construcción abarcó un colegio y monasterio para hombres. Los dominios de la compañía abarcaban desde Chimalistac hasta San Jacinto, en el terreno atravesaban los ríos Chico y Magdalena, lo que permitió la prosperidad del pueblo. El paisaje idílico de sus huertos atrajo a la aristocracia capitalina, que construyó aquí sus casas de retiro. Así se fundó San Ángel.

Tras la reforma de 1858 en el que se decretó la nacionalización de los bienes de la iglesia, el colegio fue clausurado y su custodia pasó al ayuntamiento. Una parte de estos terrenos fueron usados como cárcel, cuartel y otras funciones. A partir del 7 de julio de 1921, la Secretaría de Educación Pública decretó que el ex-convento fuera el Museo de El Carmen, el templo continúa siendo una iglesia.

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