La construcción de un sencillo y pequeño templo se inició poco después de la conquista de la ciudad, hacia el año 1527, para ser concluida hacia 1530. Se reconstruyó por primera vez entre 1556 y 1571, para ampliar las dependencias del convento y capillas alrededor del templo principal. Esa segunda iglesia fue dañada severamente durante una inundación de la ciudad, y se decidió volver a reconstruirlo, en un fastuoso estilo barroco diseñado por Pedro de Arrieta, durante la primera mitad del siglo XVIII, cuando tomó su aspecto actual. A finales del siglo XVIII se introdujeron cambios en el interior con decoraciones neoclásicas.

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