Durante la época prehispánica, Amacueca perteneció a Zaulán (Sayula) y luego al reino de Colima. Sus habitantes hablaban náhuatl y tenían por dios un gavilán que se hallaba pintado y esculpido en las rocas.

Esta región fue invadida por los tarascos que se querían apoderar del territorio para explotar las playas salitrosas, motivando con ello la Guerra del Salitre que duró desde el año de 1490 a 1510, cuando los tarascos fueron expulsados de esta tierra por los guerreros del rey de Colima.

En 1522 arribaron Alonso de Ávalos y Juan Álvarez Chico quienes conquistaron la región, en la que se encontraba comprendida Amacueca, a la que se dio el nombre de provincia de Ávalos. En 1547 el franciscano Simón de Bruselas hizo edificar un convento y una iglesia, continuando la evangelización de los naturales, iniciada hacia 1535 por fray Juan de Padilla.

Durante la Independencia de México, José Antonio Torres, estuvo comisionado para organizar las fuerzas en el sur de la entidad, para lo cual reclutó habitantes de este lugar. Al ser tomada la Plaza de Atoyac por los hermanos Francisco y Gordiano Guzmán en 1811, contaron con el auxilio de una compañía de combatientes de Amacueca.

En 1825 Amacueca pertenecía al cantón de Sayula y contaba con ayuntamiento subordinado al pueblo de Tepec. El 17 de febrero de 1835, el Congreso de Jalisco ordenó que el pueblo de Techaluta, que pertenecía a la municipalidad de Zacoalco de Torres, se incorporara a Amacueca. El 13 de marzo de 1837 se decretó que Amacueca y sus pueblos se integraran al primer partido del Distrito de Sayula, confirmándose este decreto el 6 de octubre de ese mismo año. En el decreto número 509 de septiembre de 1877, ya se menciona a Amacueca con categoría de municipio.

La palabra «Amacueca» podría derivar de la palabra náhuatl «ama-kue-ka» que se traduce como: «lugar del conjunto de amates». También podría provenir de amathl- cuepca que significa «vuelta hueca» y de amec y huecapa que combinados se traducen como «lugar alejado de la laguna».