Originalmente era parte de un conjunto arquitectónico conocido como Casa Profesa, donde residían los sacerdotes jesuitas que habían emitido, además de los votos religiosos comunes de pobreza, castidad y obediencia, un cuarto voto de “particular obediencia al Papa” en cuanto a misiones se refiere. A estos presbíteros se les llama profesos en el derecho interno de la Compañía de Jesús. La primera iglesia fue inaugurada en 1610. El templo actual, que sustituyó al primero, consta de tres naves y fue edificado en estilo barroco según diseño de Pedro de Arrieta, entre 1714 y 1720, y financiado por el marqués de Villapuente de la Peña y su esposa la marquesa de las Torres de Rada.

En 1767, con la expulsión de la Compañía de Jesús de los dominios españoles, La Profesa fue entregada a la Congregación del Oratorio de San Felipe Neri (padres filipenses), quienes hasta entonces tenían su templo en lo que hoy es la Biblioteca Miguel Lerdo de Tejada. A inicios del siglo XIX (el 22 de mayo de 1805) se introdujo el estilo neoclásico en el interior, y Manuel Tolsá diseñó el retablo mayor, dedicado a San Felipe Neri.

Además es poseedora de una magnífica Pinacoteca que contiene una de las colecciones de pintura de caballete más importante de México, tanto por la relevancia de sus autores, como por el número extraordinario de obras de los siglos XVII, XVIII Y XIX.