Fue fundada a mediados del siglo XVIII1​ en el extremo oriente del barrio de Cuepopan y originalmente estuvo dedicada a Lucía de Siracusa. Fue cerrada a finales del siglo XVIII quedando abandonada, y a mediados del siglo XIX fue reabierta para ser utilizada como depósito de cadáveres para quienes no podían costear el sepelio.​ En 1927 fue consolidada para establecer una biblioteca de la SEP y cuatro años después fue declarada monumento histórico el 9 de febrero de 1931.

La planta de la capilla es hexagonal, cuenta con cúpula recubierta de ladrillo rojo aparente y linternilla.​ Su fachada de dos cuerpos presenta en la parte baja un arco de medio punto moldurado con enjutas decoradas con elementos vegetales y flanqueado por pilastras estriadas con un relieve en la clave que representa a Francisco de Asís, sobre el arco se encuentra un friso con decoración vegetal. En el segundo cuerpo se encuentra un nicho en el cual se encuentra una escultura que representa a Jesús de Nazareth con la cruz a cuestas,​ el nicho está flanqueado por pilastras y pináculos ondulantes y rematado por un frontón roto​ y sobre él un relieve con el monograma de María.