Actualmente el edificio alberga las oficinas de la Presidencia Municipal, las regidurías, las sindicaturas, la Secretaria del Ayuntamiento, y algunas otras. Posee dos recintos solemnes: el Salón de Presidentes y el de Cabildos, este último decorado con un estilo de fines del siglo XIX y luce murales de Gabriel Flores.

El palacio se encuentra ubicado en el terreno donde en 1544 el peninsular Juan de Zaldívar mandó construir su residencia, desde la cual caminaba todas las mañanas hacia su molino de trigo, situado en la esquina sureste de la actual Calzada Independencia Norte y la calle Álvaro Obregón (hoy, un cine “Alameda”). En el siglo XVIII la Iglesia determinó que en el predio hoy ocupado por el Poder Ejecutivo municipal, Avenida Hidalgo 400, esquina con Alcalde, se edificara el Palacio Obispal de Guadalajara, el cual pasó a manos del Estado en época de la Reforma, luego fue recuperado por la Iglesia, para ser nuevamente estatizado en 1914. El terreno fue adquirido en 1943 para la construcción de una nueva sede para el Ayuntamiento tapatío como parte de un proyecto de urbanización y modernización del centro histórico que incluyó la ampliación de varias calles y avenidas, entre ellas las avenidas 16 de Septiembre-Alcalde (antigua calle de San Francisco) y Juárez (antigua calle del Carmen), así como la creación de la Plaza de los Laureles, la Rotonda de los Hombres Ilustres y la Plaza de la Liberación.

Su construcción estuvo a cargo del arquitecto Vicente Mendiola y el ingeniero Marcelino Rodríguez Orozco.​ En su estilo se emplearon formas clásicas, empleadas continuamente por Vicente Mendiola, renunciando a la corriente funcionalista que estaba de moda en aquellos tiempos en la arquitectura mexicana.