La mayor parte de las construcciones del Molino de Flores fueron emprendidas por Don Miguel de Cervantes y Velasco, marqués de Salvatierra, y entre estas construcciones, está la capilla del Señor de la Presa. Según cuenta la tradición, esta última construcción fue realizada para conmemorar una aparición milagrosa en las laderas de piedra que bordean el río Cuxcahuaco, mismo que atraviesa la propiedad. Un hecho singular de esta capilla es que está en parte sostenida por las laderas del río, al haber sido prácticamente excavada sobre la roca, de manera similar a la pirámide de Malinalco. En la imagen se aprecia la vista del costado Noreste de la capilla, que es la única vista al exterior ya que el costado opuesto, está incrustado en la roca. También se puede apreciar en el arco de la derecha, el puente que cruza el río y que lleva a la capilla.