En el año de 1558 se fundó el Conjunto Monasterial de la ciudad de Jonacatepec, dedicado a San Agustín, Obispo de Hipona. Sus fundadores fueron fray Jerónimo de San Esteban y Juan Cruzate, cuyos restos se encuentran bajo el altar mayor de la parroquia del conjunto. El Ex-Convento es de grandes dimensiones, la capilla abierta también conocida como “capilla de indios” se incorpora con la fachada y se encuentra detrás del pórtico principal, además de sus espacios tiene esculturas muy notables. El claustro aún se conserva en buenas condiciones. En el año 1646 la provincia de México llamada en ese entonces “audiencia de México”, creó la alcaldía mayor de Cuautla y el Tenientazgo de Jonacatepec; permaneciendo con ese nombre hasta el año de 1824 al terminar la Independencia de México de 1810.

Jonacatepec, se escribía Xonakatepek de Leandro Valle, sus raíces etimológicas provienen de las radicales Xonaka-tl, “cebolla”; Tepe-tl “cerro” y k apócope del adverbio de “lugar” ko, y quiere decir “En el cerro de las cebollas”, como efectivamente existen en los cerritos aledaños a la población, bulbos que producen una azucenas blancas muy perfumadas.”Xonakatepec de Leandro Valle” En el cerro de las cebollas.