La historia del Templo del Antiguo Convento de la Encarnación comenzó a finales del siglo dieciséis, cuando la Orden de los Dominicos inició las labores de planeación para establecer y construir uno de los primeros inmuebles religiosos que existieron en la Nueva España. Así, en el año de 1594 un área equivalente a 10, 437.50 metros cuadrados (12,500 varas cuadradas) fue habilitada para albergar lo que posteriormente se convertiría en el Convento de la Encarnación, en el cual se localizaban capillas, aposentos, huertas y un amplio claustro principal. Para esas fechas en las que Don Alonso Fernández de Bonilla cumplía con las funciones de Arzobispo, este inmueble estaba destinado a la oración y la educación de niñas españolas y criollas.