En el año de 1541, fundó el Convento de Tiripetío, estableció la primera biblioteca de América, así como la primera Universidad del continente con tres cátedras (Teología, Derecho Canónico y Leyes), donde tuvo como alumno al hijo del rey Calzonzin. En 1542 sucedió a Vasco de Quiroga en el gobierno del obispado de Michoacán y durante su gestión fundó los conventos en Cuitzeo, Yuririapúndaro, Charo, Copándaro, Huango y Guayangareo (Valladolid). Durante 1545 fue elegido prior del convento de Tacámbaro. En 1553 fue designado como catedrático en la Real y Pontificia Universidad de México. Poco tiempo después se le nombró maestro de Teología y de Artes y se instituyó, bajo su dirección, una cátedra de Santo Tomás. Empezó a escribir un tratado de filosofía, el primer libro de filosofía escrito en América. En tres ocasiones sirvió como procurador de su Orden. Regresó a España en 1562 y 10 años después, en 1572, decidió volver al Nuevo Mundo en donde fundó el Colegio de San Pablo, redactó libros, apadrinó algunos exámenes de doctorado y se preocupó constantemente por la evangelización de las Filipinas. Entre sus discípulos más distinguidos figuran Francisco Cervantes de Salazar, escritor y maestro universitario; fray Esteban de Salazar y Andrés de Tordehumos, escritores de vasta vigencia en su circunstancia histórica y geográfica.